Découverte de bacilles acido-alcoolo-résistants (BAAR) sur un crachat

Chaque ligne du compte rendu se lit, et chaque examen pour ce qu'il apporte : examen microscopique, PCR, recherche de résistance, culture. L'examen microscopique voit des bacilles acido-alcoolo-résistants, sans dire leur espèce, les mycobactéries non tuberculeuses ayant le même aspect.

La PCR répond à la question de l'espèce, parce qu'elle est spécifique du complexe tuberculosis, alors que l'examen microscopique détecte l'ensemble des bacilles acido-alcoolo-résistants. Un examen microscopique positif avec une PCR négative fait donc suspecter une mycobactérie non tuberculeuse.

La culture est la plus sensible, mais elle demande plusieurs semaines. La sensibilité de l'examen microscopique est inférieure à celle de la PCR, elle-même inférieure à celle de la culture. C'est la culture qui donne l'antibiogramme complet et sert au suivi.

Un examen négatif ne clôt rien. Parmi les patients dont l'examen microscopique est négatif, 17 % ont une culture positive, et ils sont potentiellement contagieux. C'est pourquoi l'isolement se décide sur les arguments cliniques et radiologiques, pas sur l'examen direct.

Le test moléculaire rapide est recommandé en première intention pour le diagnostic de tuberculose et la détection de la résistance à la rifampicine : il recherche les 2 en même temps. Le compte rendu se lit donc jusqu'à cette ligne, la dernière, qui est celle qui change toute la suite.

Une résistance à la rifampicine range la maladie parmi les tuberculoses multirésistantes ou résistantes à la rifampicine, que l'OMS regroupe sous un même sigle et traite par des schémas propres. Le schéma standard, qui repose sur la rifampicine, ne convient pas. Le choix d'un schéma demande une recherche rapide d'autres résistances, aux fluoroquinolones d'abord.

La culture et l'antibiogramme restent demandés malgré le résultat moléculaire. L'antibiogramme en culture est nécessaire pour les autres antituberculeux et pour le suivi des résistances, et c'est lui qui dira les autres résistances.

Un test de dépistage de l'infection par le virus de l'immunodéficience humaine (VIH) se propose à chaque diagnostic de tuberculose, parce que la co-infection modifie le traitement et le pronostic. Le statut vis-à-vis du VIH fait partie de ce que la lecture doit établir.

Le dossier annonce souvent la résistance avant le laboratoire. Un traitement antituberculeux antérieur, même interrompu, fait craindre une résistance, comme une origine ou un séjour dans une région où elle est fréquente. Ces 2 éléments se cherchent au dossier et se rapprochent du résultat de résistance.

À l'échelle mondiale, l'écart est net. En 2024, 16 % des personnes déjà traitées pour une tuberculose avaient une tuberculose multirésistante ou résistante à la rifampicine, contre 3,2 % des nouveaux cas. Dans la région européenne de l'OMS, cette proportion atteignait 23 % des nouveaux cas et 51 % des personnes déjà traitées, avec les proportions les plus hautes en Russie et dans plusieurs pays d'Europe de l'Est et d'Asie centrale.

La question se pose avec la durée. Un traitement interrompu au bout de quelques semaines ne se déclare pas comme un antécédent ; il se trouve en demandant combien de mois il a été pris.

La date de début des symptômes se demande avec la même précision, parce qu'elle fixe la période de l'enquête autour du cas. Elle se relève au dossier avec le reste.

L'isolement est la première décision, et il se décide sur la présomption. Devant des arguments cliniques ou radiologiques en faveur d'une tuberculose pulmonaire, les précautions complémentaires respiratoires renforcées se mettent en place avant tout résultat microbiologique. Un isolement qui commence au jour du compte rendu laisse derrière lui des jours d'exposition à recenser, et attendre la culture pour isoler est une erreur.

Les précautions renforcées associent une chambre individuelle porte fermée, un appareil de protection respiratoire FFP2 pour qui entre, et des sorties limitées au strict nécessaire. Hors de la chambre, le patient porte un FFP2, ou à défaut un masque à usage médical.

Le niveau dépend de la résistance. Une tuberculose multirésistante confirmée ou suspectée relève des précautions maximales : le FFP2 pour le patient qui sort, et une chambre à pression négative ou à ventilation améliorée. Une résistance à la rifampicine détectée fait donc passer à ce niveau sans attendre la culture.

Le traitement, lui, attend la prise en compte de la résistance. Devant une résistance à la rifampicine, le traitement standard ne se débute pas, et l'avis du groupe thérapeutique multidisciplinaire du centre national de référence des mycobactéries et de la résistance aux antituberculeux est recommandé. L'éducation au traitement se construit ensuite avec l'équipe de référence.

Les précautions durent au moins 14 jours à partir d'un traitement efficace. Elles durent 30 jours en présence d'une excavation, d'une charge bacillaire initiale élevée ou de lésions étendues. La négativation de l'examen microscopique n'est pas un critère de non-contagion.

Pour une tuberculose multirésistante, les précautions maximales se lèvent sur des cultures négatives de 3 échantillons respiratoires prélevés 3 jours distincts. La durée se prévoit donc dès la lecture, avec le niveau.

L'imagerie ne pose pas le diagnostic ici, elle mesure la contagiosité. Une excavation expose une lésion riche en bacilles à l'air des bronches : sur l'imagerie initiale, elle porte la durée minimale des précautions de 14 à 30 jours de traitement efficace. Elle se relève au compte rendu et se relie à la contagiosité et à la durée de l'isolement.

Seules les formes qui exposent les lésions à l'air sont potentiellement transmissibles : pulmonaire, pleuropulmonaire, ORL et bronchique. Le cliché initial sert aussi de référence, l'amélioration radiographique n'étant en général perceptible qu'après 3 à 4 semaines.

Tout cas de tuberculose maladie confirmé ou suspecté se signale à l'agence régionale de santé (ARS) et au centre de lutte antituberculeuse (CLAT), sans délai et au plus tard dans les 48 heures ouvrables suivant le diagnostic ou la mise en route du traitement. Le signalement n'attend pas la culture, et l'attendre pour signaler est une erreur.

Le signalement n'est pas la notification. Le premier est nominatif, immédiat, adressé à l'ARS et au CLAT, et il déclenche l'enquête ; la seconde sert la surveillance épidémiologique. Le signalement ne dispense pas de la notification.

La période de contagiosité se compte depuis les symptômes. Elle va de la date de début des symptômes à la date de l'isolement, et la période théorique retenue pour l'enquête couvre les 3 mois qui précèdent la mise sous traitement. La date de début des symptômes se transmet donc comme point de départ de l'enquête.

Les contacts se rangent en cercles. Les contacts étroits du premier cercle partagent au quotidien un espace limité avec le cas, comme une chambre de foyer ou d'hôpital, ou un bureau ; les contacts réguliers ou occasionnels, qui ont fréquenté le cas moins longtemps, forment le deuxième cercle. La liste des contacts du premier cercle se transmet au CLAT avec la date de début des symptômes.

Le dépistage des contacts associe sans délai une consultation et une radiographie thoracique, puis un test immunologique au moins 8 semaines après le dernier contact. Ce délai est nécessaire à la positivation du test.

Une caverne fait dépister l'entourage. Chez un contact de plus de 5 ans immunocompétent, un contact avec un cas sans caverne radiologique fait partie des conditions cumulées qui permettent de ne pas dépister ; une caverne fait donc dépister.

L'équipe et le laboratoire sont aussi des destinataires. La consigne d'isolement s'explique à ceux qui entrent dans la chambre, et le biologiste apprend le contexte de résistance.