Aller au contenu
Toutes les fiches

Fiche de révision

Prescription et interprétation d'un examen microbiologique de selles

La plupart des diarrhées n'appellent aucun examen, et une recherche non demandée n'est pas faite.

Situation de départ 191Catégorie IIItem R2C 176Item R2C 172Item R2C 179

Entretien et interrogatoire

⚠️ C'est l'interrogatoire qui décide s'il faut prescrire, et ce qu'il faut demander. ⚠️ Le laboratoire ne cherche que ce qu'on lui a nommé.

La diarrhée elle-même : ⚠️ son ancienneté, le nombre de selles, ⚠️ la présence de sang ou de glaires, la présence de fièvre, ⚠️ et la douleur. ⚠️ Du sang, une fièvre et des douleurs orientent vers une atteinte de la paroi et changent la prescription.

Le contexte, qui commande la demande : ⚠️ un voyage récent et son lieu, ⚠️ un repas partagé suivi de cas groupés, une prise d'antibiotique dans les semaines précédentes, ⚠️ une hospitalisation récente, une immunodépression, ⚠️ un métier au contact d'aliments ou d'enfants.

⚠️ Ce qui se demande sur le terrain : l'âge, une grossesse, ⚠️ une maladie chronique de l'intestin, et les traitements en cours.

Ce qui se recherche comme retentissement : ⚠️ la soif, la diminution des urines, la perte de poids, ⚠️ le malaise en se levant, et chez l'enfant, le refus de boire.

⚠️ Et ce qui se demande toujours avant de conclure : le patient a-t-il déjà pris quelque chose, antibiotique, ralentisseur du transit, ou traitement rapporté d'un voyage.

Le piège

Écrire « coproculture » sans mentionner le voyage ni l'antibiotique récent. La recherche utile ne sera pas faite.

À retenir

  • Le laboratoire ne cherche que ce qu'on lui a nommé.
  • Sang, fièvre et douleurs orientent vers une atteinte de la paroi.
  • Voyage, cas groupés, antibiotique récent : trois contextes qui changent la demande.
  • Un métier au contact d'aliments ou d'enfants modifie la conduite collective.
  • Un ralentisseur du transit déjà pris change l'évaluation.

En pratique

  • Ancienneté et nombre de selles précisés
  • Sang et glaires recherchés
  • Fièvre recherchée
  • Voyage récent et destination
  • Cas groupés recherchés
  • Antibiotique récent recherché
  • Immunodépression et terrain précisés
  • Traitements déjà pris recherchés

Examen clinique

⚠️ L'examen ne cherche pas la bactérie, il cherche la gravité, ⚠️ et c'est elle qui décide du lieu de soin avant tout résultat.

Ce qui se mesure : ⚠️ le poids, comparé au poids habituel, ⚠️ la pression artérielle debout et couchée, le pouls, la température, ⚠️ et la diurèse. ⚠️ Chez l'enfant, la perte de poids en pourcentage est le meilleur indicateur, et elle se calcule.

Ce qui se cherche comme signes de déshydratation : ⚠️ une sécheresse des muqueuses, un pli cutané persistant, ⚠️ des yeux creux, une somnolence ou une irritabilité, et chez le nourrisson, une fontanelle déprimée.

Ce qui s'examine sur l'abdomen : ⚠️ une douleur localisée, ⚠️ une défense, un météorisme important, ⚠️ l'absence de bruits. ⚠️ Un abdomen tendu et distendu chez un patient qui a reçu un antibiotique récemment est un tableau grave.

Ce qui se cherche ailleurs : ⚠️ une éruption, une atteinte articulaire, un ictère, et des signes de dénutrition dans les formes prolongées.

⚠️ Ce qui se conclut d'un examen rassurant : que le patient peut être traité à domicile, ⚠️ avec des consignes écrites et un délai de retour, et non que le problème est réglé.

Urgence

Abdomen distendu, douleur et arrêt des bruits après un antibiotique : avis chirurgical et imagerie sans délai.

À retenir

  • L'examen cherche la gravité, pas la bactérie.
  • Chez l'enfant, la perte de poids en pourcentage se calcule.
  • Un abdomen tendu et distendu après un antibiotique récent est un tableau grave.
  • La pression debout et couchée fait partie de l'examen.
  • Un examen rassurant conduit à des consignes écrites, pas à un classement sans suite.

En pratique

  • Poids comparé au poids habituel
  • Pression debout et couchée
  • Pouls et température
  • Signes de déshydratation recherchés
  • Perte de poids calculée chez l'enfant
  • Abdomen palpé et ausculté
  • Signes extra digestifs recherchés
  • Consignes de retour données

Synthèse paraclinique

⚠️ Un examen microbiologique de selles n'est pas un examen mais une famille d'examens, ⚠️ et chacun se demande séparément.

⚠️ La recherche de bactéries : elle porte en routine sur un petit nombre d'espèces. ⚠️ Les autres ne sont cherchées que si elles sont nommées sur la demande, et une espèce non demandée n'est pas rendue.

⚠️ La recherche de parasites : c'est un examen différent, ⚠️ qui demande plusieurs prélèvements à des jours différents, parce que l'élimination est irrégulière. ⚠️ Un seul examen négatif n'écarte pas une parasitose.

⚠️ La recherche d'une toxine : elle se demande devant une diarrhée survenant après un antibiotique ou une hospitalisation, ⚠️ et elle ne fait pas partie de l'examen bactériologique courant.

⚠️ La recherche de virus : surtout chez le nourrisson et dans les épidémies collectives.

⚠️ Ce qui se lit ensuite : un résultat positif se confronte au tableau. ⚠️ Certaines bactéries et certains parasites peuvent être portés sans maladie, et leur présence n'établit pas à elle seule la responsabilité. ⚠️ Un résultat négatif n'écarte rien : le prélèvement peut avoir été fait trop tard, mal conservé, ou après un antibiotique.

À retenir

Bactéries, parasites, virus, toxine : quatre demandes distinctes. Nommer celles qu'on veut.

À retenir

  • Un examen de selles est une famille d'examens, chacun se demande séparément.
  • Une espèce non nommée sur la demande n'est pas cherchée.
  • La recherche de parasites demande plusieurs prélèvements à des jours différents.
  • La recherche d'une toxine ne fait pas partie de l'examen bactériologique courant.
  • Un résultat négatif n'écarte rien, un résultat positif ne prouve pas tout.

En pratique

  • Recherche bactérienne demandée si indiquée
  • Espèces particulières nommées
  • Recherche parasitaire demandée à part
  • Répétition des prélèvements prévue
  • Recherche de toxine si contexte
  • Recherche virale si nourrisson ou collectivité
  • Résultat confronté au tableau clinique
  • Limites du résultat négatif énoncées

Iconographie

Sans objet pour cette situation : La prescription et la lecture d'un examen de selles ne reposent sur aucune imagerie. L'exploration d'une complication abdominale relève des situations de départ consacrées à la douleur abdominale et aux diarrhées aiguës.

Stratégie diagnostique

⚠️ La première décision n'est pas d'interpréter mais de savoir s'il faut prescrire. ⚠️ La plupart des diarrhées aiguës guérissent seules en quelques jours, et l'examen ne change alors rien.

⚠️ Ce qui fait prescrire, et la liste se retient : du sang dans les selles, ⚠️ une fièvre élevée ou persistante, une durée qui dépasse quelques jours, ⚠️ un retour de voyage, des cas groupés, ⚠️ une prise d'antibiotique ou une hospitalisation récentes, une immunodépression, ⚠️ un âge extrême ou une fragilité, et un métier exposant autrui.

⚠️ Ce qui ne fait pas prescrire : une diarrhée banale, brève, sans fièvre ni sang, chez une personne en bon état.

⚠️ Ce qui oriente la demande : le contexte plus que la clinique. ⚠️ Une diarrhée après antibiotique fait chercher une toxine ; ⚠️ un retour de zone tropicale fait chercher des parasites en plus des bactéries ; des cas groupés font chercher les causes alimentaires.

⚠️ Ce qui suspend la conclusion : un prélèvement fait après le début d'un antibiotique, ⚠️ un délai d'acheminement trop long, et un seul prélèvement quand une parasitose est suspectée.

⚠️ Et ce qui se pose devant une diarrhée qui dure : la question n'est plus infectieuse, et elle relève d'une autre démarche.

À retenir

Diarrhée après antibiotique : chercher la toxine. Retour de voyage : chercher aussi les parasites.

À retenir

  • La première décision est de savoir s'il faut prescrire.
  • Sang, fièvre, durée, voyage, cas groupés, antibiotique, terrain, métier : la liste qui fait prescrire.
  • Le contexte oriente la demande plus que la clinique.
  • Un prélèvement fait sous antibiotique suspend la conclusion.
  • Une diarrhée qui dure sort du champ infectieux.

En pratique

  • Indication de l'examen posée
  • Sang et fièvre pris en compte
  • Durée évaluée
  • Voyage et cas groupés pris en compte
  • Antibiotique récent pris en compte
  • Terrain fragile identifié
  • Demande orientée par le contexte
  • Limites du prélèvement anticipées

Urgence vitale

⚠️ La diarrhée tue par la déshydratation, ⚠️ et le résultat de l'examen n'a aucune part dans cette urgence.

⚠️ Ce qui définit la gravité : une perte de poids rapide, ⚠️ une pression artérielle basse ou une chute en se levant, une accélération du pouls, ⚠️ une baisse de la diurèse, une somnolence ou une confusion, ⚠️ et chez le nourrisson, un refus de boire ou une perte de poids importante.

⚠️ Ce qui se fait sans attendre : la réhydratation, ⚠️ par voie orale quand elle est possible, par voie veineuse quand elle ne l'est pas, et la surveillance du poids et de la diurèse.

⚠️ Ce qui constitue l'autre urgence : une atteinte grave de la paroi du côlon, ⚠️ évoquée devant un abdomen distendu et douloureux, une fièvre élevée, ⚠️ et un contexte d'antibiothérapie récente. Elle relève d'un avis chirurgical et d'une imagerie sans délai.

⚠️ Ce qui ne se donne pas quand il y a du sang ou une fièvre élevée : un ralentisseur du transit, ⚠️ qui peut aggraver.

Ce qui se surveille : ⚠️ le poids, la diurèse et la conscience, ⚠️ et l'absence d'amélioration à 48 heures fait revenir sur le diagnostic.

Urgence

Perte de poids rapide, chute de la pression en se levant, refus de boire chez l'enfant : réhydrater d'abord.

À retenir

  • La diarrhée tue par la déshydratation, et l'examen n'y a aucune part.
  • Chez le nourrisson, le refus de boire est un signe de gravité.
  • Un abdomen distendu après antibiothérapie récente impose un avis sans délai.
  • Un ralentisseur du transit peut aggraver quand il y a du sang ou de la fièvre.
  • L'absence d'amélioration à 48 heures fait revenir sur le diagnostic.

En pratique

  • Poids et perte de poids évalués
  • Pression debout et couchée
  • Diurèse surveillée
  • Conscience évaluée
  • Réhydratation engagée
  • Voie orale privilégiée si possible
  • Complication colique recherchée
  • Ralentisseur du transit écarté si sang ou fièvre

Stratégie de prise en charge

⚠️ Le traitement d'une diarrhée aiguë est la réhydratation, ⚠️ et l'antibiotique est l'exception.

⚠️ Ce qui se prescrit toujours : une réhydratation adaptée, ⚠️ une alimentation reprise rapidement et non suspendue, et des consignes écrites de retour.

⚠️ Ce qui fait envisager un antibiotique : un tableau sévère, ⚠️ du sang avec une fièvre élevée, un terrain fragile ou une immunodépression, ⚠️ et certains résultats précis. ⚠️ Dans plusieurs situations un antibiotique est au contraire déconseillé, et cette nuance se vérifie avant de prescrire.

⚠️ Ce qui se fait devant une diarrhée liée à un antibiotique : arrêter l'antibiotique en cause quand c'est possible, ⚠️ et traiter selon le résultat, la mesure la plus efficace étant l'arrêt.

⚠️ Ce qui ne se prescrit pas : un ralentisseur du transit en présence de sang ou d'une fièvre élevée.

⚠️ Ce qui se réévalue : l'état à 48 heures, ⚠️ et l'utilité de poursuivre ou d'arrêter un traitement engagé.

⚠️ Et ce qui s'organise et se néglige : le signalement. ⚠️ Des cas groupés après un même repas imposent une déclaration, et certaines maladies se déclarent quel que soit le nombre de cas, ⚠️ le réflexe se perdant dès que le patient va mieux.

Le piège

Prescrire un antibiotique parce qu'une bactérie a poussé. Plusieurs situations le déconseillent.

À retenir

  • Le traitement est la réhydratation, l'antibiotique est l'exception.
  • L'alimentation se reprend rapidement, elle ne se suspend pas.
  • Devant une diarrhée liée à un antibiotique, l'arrêt est la mesure la plus efficace.
  • Un antibiotique est déconseillé dans plusieurs situations, cela se vérifie avant.
  • Le réflexe de signalement se perd dès que le patient va mieux.

En pratique

  • Réhydratation prescrite
  • Alimentation reprise
  • Consignes écrites remises
  • Indication d'antibiotique évaluée
  • Contre indications vérifiées
  • Antibiotique en cause arrêté si besoin
  • Réévaluation à 48 heures
  • Signalement envisagé

Procédure et geste technique

⚠️ Le recueil décide de la valeur du résultat, ⚠️ et il se fait mal parce qu'on l'explique mal.

Ce qui s'explique au patient : ⚠️ le recueil d'une selle émise, dans un récipient propre prévu à cet effet, ⚠️ sans mélange avec les urines ni avec l'eau des toilettes, et une quantité suffisante.

⚠️ Ce qui compte autant : le délai. ⚠️ Une selle molle ou liquide doit parvenir rapidement au laboratoire, certaines recherches perdant leur sensibilité avec le temps, ⚠️ et une conservation au froid est parfois demandée. Le laboratoire indique ses conditions, et elles se lisent avant de prescrire.

⚠️ Ce qui se répète : la recherche de parasites, ⚠️ sur plusieurs prélèvements faits à des jours différents, le patient devant recevoir plusieurs récipients et une explication claire.

⚠️ Ce qui se prélève autrement : une recherche d'œufs autour de l'anus chez l'enfant, qui se fait le matin avant toute toilette, ⚠️ et non sur une selle.

⚠️ Ce qui s'écrit sur la demande : la date, le contexte, le voyage, l'antibiotique en cours, ⚠️ et les recherches souhaitées, nommées une par une.

À retenir

Nommer une par une les recherches souhaitées sur la demande. Ce qui n'est pas nommé n'est pas cherché.

À retenir

  • Le recueil se fait mal parce qu'on l'explique mal.
  • Ni urines ni eau des toilettes dans le récipient.
  • Certaines recherches perdent leur sensibilité avec le délai.
  • La recherche de parasites demande plusieurs prélèvements à des jours différents.
  • La recherche d'œufs chez l'enfant se fait le matin, avant toilette, et non sur une selle.

En pratique

  • Récipient adapté remis
  • Absence de mélange expliquée
  • Quantité suffisante expliquée
  • Délai d'acheminement précisé
  • Conservation expliquée si nécessaire
  • Plusieurs récipients si recherche parasitaire
  • Technique particulière expliquée chez l'enfant
  • Contexte et recherches écrits sur la demande

Annonce et information

Sans objet pour cette situation : Cette situation ne comporte pas d'annonce de maladie grave. L'information du patient sur les mesures d'hygiène et sur la conduite à tenir est traitée dans la section consacrée à l'éducation et à la prévention.

Éducation et prévention

⚠️ La transmission se fait par les mains et par ce qu'on avale, ⚠️ et l'essentiel des conseils tient à ces deux voies.

Ce qui se dit dans tous les cas : ⚠️ un lavage des mains après être allé aux toilettes et avant de préparer un repas, ⚠️ le fait de ne pas préparer les repas des autres tant que dure la diarrhée, et l'usage de linge et de serviettes séparés.

⚠️ Ce qui se dit sur la collectivité : une éviction est nécessaire dans certaines situations et pour certains métiers, ⚠️ notamment au contact d'aliments, de jeunes enfants ou de personnes fragiles, et sa durée dépend de la cause.

Ce qui se dit avant un voyage : ⚠️ la prudence sur l'eau, les crudités et les aliments crus, ⚠️ la vaccination quand elle existe, et le fait qu'une diarrhée au retour se signale plutôt qu'elle ne s'attend.

Ce qui se dit sur la réhydratation : ⚠️ comment la préparer et à quel rythme la donner, ⚠️ et chez le nourrisson, qu'elle se donne par petites quantités répétées.

⚠️ Ce qui se donne toujours par écrit : les signes qui doivent faire revenir, ⚠️ sang, fièvre élevée, refus de boire, somnolence, absence d'amélioration, et le délai au bout duquel il faut consulter.

À retenir

Un lavage des mains après les toilettes et avant de cuisiner arrête la plupart des transmissions familiales.

À retenir

  • La transmission se fait par les mains et par ce qu'on avale.
  • Ne pas préparer les repas des autres tant que dure la diarrhée.
  • L'éviction dépend de la cause et du métier.
  • Chez le nourrisson, la réhydratation se donne par petites quantités répétées.
  • Les signes de retour se donnent par écrit, avec un délai.

En pratique

  • Lavage des mains expliqué
  • Préparation des repas suspendue
  • Linge séparé conseillé
  • Éviction évaluée selon le métier
  • Conseils de voyage donnés si pertinent
  • Préparation de la réhydratation expliquée
  • Rythme adapté au nourrisson
  • Signes de retour écrits

Communication interprofessionnelle

⚠️ La demande adressée au laboratoire est le principal endroit où l'information se perd. ⚠️ Un examen prescrit sans contexte donne un résultat partiel, et le prescripteur croit avoir écarté ce qui n'a jamais été cherché.

Ce qui s'écrit sur la demande : ⚠️ la date de début, le voyage et sa destination, ⚠️ l'antibiotique reçu et sa date, une hospitalisation récente, ⚠️ une immunodépression, et les recherches souhaitées nommées une par une.

Ce qui se demande au biologiste : ⚠️ ce que le laboratoire cherche en routine et ce qu'il ne cherche que sur demande, ⚠️ et ses conditions de recueil et d'acheminement, qui varient d'un laboratoire à l'autre.

⚠️ Ce qui se transmet sans délai à la personne chargée de la veille sanitaire : des cas groupés après un repas commun, ⚠️ et certaines maladies à déclaration obligatoire, la déclaration étant une obligation et non une option.

Ce qui se transmet à la collectivité concernée : ⚠️ crèche, école, établissement, les mesures et leur durée.

⚠️ Et ce qui s'écrit dans le dossier : ce qui a été cherché, ce qui ne l'a pas été, ⚠️ et la conclusion retenue. Un résultat négatif sans la liste de ce qui a été demandé induit le lecteur suivant en erreur.

À retenir

Écrire au dossier ce qui a été cherché et ce qui ne l'a pas été. Le négatif ne vaut que pour le demandé.

À retenir

  • La demande est le principal endroit où l'information se perd.
  • Le prescripteur croit avoir écarté ce qui n'a jamais été cherché.
  • Les conditions de recueil varient d'un laboratoire à l'autre.
  • La déclaration est une obligation, pas une option.
  • Un résultat négatif sans la liste des recherches induit en erreur.

En pratique

  • Date de début sur la demande
  • Voyage et destination mentionnés
  • Antibiotique récent mentionné
  • Terrain mentionné
  • Recherches nommées une par une
  • Conditions du laboratoire vérifiées
  • Signalement fait si nécessaire
  • Recherches faites et non faites écrites au dossier

S'entraîner sur cette situation

Aucune station ne couvre encore cette situation.

Sources

  • R2C, item 176 : Diarrhées infectieuses de l'adulte et de l'enfant
  • R2C, item 172 : Parasitoses digestives : giardiose, amoebose, téniasis, ascaridiose, oxyurose, anguillulose, cryptosporidiose
  • R2C, item 179 : Risques sanitaires liés à l'eau et à l'alimentation. Toxi-infections alimentaires (TIAC)
  • Collège des universitaires de maladies infectieuses et tropicales, chapitres « Diarrhées infectieuses » et « Parasitoses digestives »
  • Recommandations en vigueur sur la prise en charge des diarrhées aiguës et sur les indications de l'examen microbiologique des selles. La date de la version consultée fait partie de la source